Этап моделирования основывается на переводе снимков стереокамеры в облако точек и создании многослойной модели тела. Модель каждого пациента разрабатывается индивидуально, при этом особенности анатомии, информация о которых получена с помощью 3D-сканирования, учитываются и оказывают на результат моделирования непосредственное влияние. Каждый из трех видов имплантов, выбранных хирургом, моделируется с помощью применения физических законов, описывающих поведение тканей человека после хирургического вмешательства и установки импланта. «BodyNova» использует в расчетах законы моделирования упругих и вязких свойств молочной железы, алгоритм помещения хирургом имплантата в карман груди и коэффициент растяжения груди под действием имплантата. Также при моделировании учитывается техника хирурга, который будет проводить операции. «BodyNova» стремится к тому, чтобы результаты каждого заказа были как можно более точными, поэтому взаимодействует напрямую с хирургами, выявляя и учитывая при моделировании стиль и технику работы каждого из них. Можно сказать, что процесс моделирования как бы повторяет все действия хирурга, устанавливающего импланты, поэтому модели, показывающие результат после операции, дают достоверное понимание того, каким будет будущий облик пациента.
В итоге хирург и пациент получает набор высокореалистичных объемных моделей, которые со стороны наглядно показывают, какой результат будет ждать пациента после операции. С помощью удобных и разнообразных способов демонстрации полученных результатов (просмотр в стандартном виде и в 3D, сравнение моделей в статическом и динамическом виде), пациент может без напряжения выбрать желаемый облик и объяснить свое решение пластическом хирургу.